Bạn cần nhóm trên null _id để tất cả services được nhóm trong một tài liệu. Ngoài ra, $unwind mảng dịch vụ trước khi nhóm, nhóm khác sẽ cung cấp cho bạn mảng mảng
db.project.aggregate(
{$unwind: '$services'},
{$group: {_id:null, services: {$push: '$services'}}}
)