Có vẻ như MongooseArray#pull phương thức chỉ hoạt động nếu các phần tử của bạn có _id thuộc tính.
Tôi thấy dễ dàng hơn khi sử dụng các cuộc gọi trực tiếp đến update để tránh những loại bất ngờ này:
mongoose.model('organization').update(
{_id: user.organization},
{$pull: {members: {user: user._id}}},
function(err, numAffected) { ... }
);