Nhờ có bertrand, tôi đã có thể tìm thấy câu trả lời nằm trong 'Projection '. Trong mongodb đó là '$ ', trong mongoose của nó select . Đây là cách tôi làm cho nó hoạt động:
User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Nó chỉ trả về phần tử phù hợp với id được chỉ định trong bạn bè.