Được rồi, tôi đã tìm thấy giải pháp để đưa chuỗi base64 thành định dạng GUID bên trong nút, để chuyển đổi nó, điều này cần phải được thực hiện:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
và bây giờ tôi có thể truy vấn cơ sở dữ liệu như thế này:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});