Có vẻ như tôi đã tìm thấy câu trả lời trong một cuộc thảo luận về vấn đề trên github.
Giải pháp cho tôi là:
User.elem_match(activities: { type: "redemption" }).elem_match(activities: { uuid: uuid }).update("$set" => {"activities.$.submitted" => true })