Bạn có thể sử dụng vòng lặp foreach với một số javascript:
db.bill.find().forEach(function(entry){
var arr = entry.bill_codes;
var uniqueArray = arr.filter(function(elem, pos) {
return arr.indexOf(elem) == pos;
});
entry.bill_codes = uniqueArray;
db.bill.save(entry);
})