Đó là do các kết nối cơ sở dữ liệu MySQL và MySQLi không được liên kết. Khi bạn tạo kết nối với cơ sở dữ liệu với MySQLi, bạn phải sử dụng kết nối đó.
Ví dụ:
$mysqli = new mysqli('localhost', 'user', 'password', 'database');
$result = $mysqli->query("SELECT * FROM users");