Không.
Phần mở rộng MySQL và MySQLi là “trình điều khiển” đảm nhiệm việc giao tiếp giữa PHP và máy chủ cơ sở dữ liệu MySQL;
họ không không thay đổi phạm vi lệnh SQL mà máy chủ MySQL hiểu.
Vì vậy, miễn là lớp trừu tượng DB quan tâm đến việc các hàm PHP được sử dụng cho mục đích gì cho bạn (và một khung công tác như CI chắc chắn sẽ làm điều đó), thì không có gì phải lo lắng về các truy vấn thực tế.