Tôi sử dụng JDBC để kết nối từ MATLAB với cơ sở dữ liệu mySQL. Hoạt động liền mạch.
- Trước tiên hãy tải xuống trình điều khiển JDBC cho mySQL từ đây: http://www.mysql. com / download / connector / j /
- Giải nén tệp mysql-connector-java-x.x.xx-bin.jar (phiên bản mới nhất) từ kho lưu trữ vào một thư mục
- Trong phần đầu của tập lệnh, hãy thêm đường dẫn đến tệp jar này, sau đó bạn có thể kết nối với cơ sở dữ liệu, v.v.
Dưới đây là một ví dụ về kết nối và truy vấn cơ sở dữ liệu bộ gen người công khai:
%# add path to the JAR file you just installed to Java dynamic classpath
javaaddpath('h:\Documents\MATLAB\myJavaClasses\mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar')
%# connection parameteres
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu';
user = 'genome';
password = '';
dbName = 'hg18';
%# JDBC parameters
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName);
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
%# Create the database connection object
conn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString);
gene = 'NF1';
if isconnection(conn) % check to make sure that we successfully connected
qry = sprintf('SELECT geneName, chrom, txStart, txEnd FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene);
rs = fetch(exec(conn, qry));
rsdata = get(rs, 'Data');
end