Bạn đang thiếu mệnh đề GROUP BY:
SELECT news.id, users.username, news.title, news.date, news.body, COUNT(comments.id)
FROM news
LEFT JOIN users
ON news.user_id = users.id
LEFT JOIN comments
ON comments.news_id = news.id
GROUP BY news.id
Kết nối bên trái là chính xác. Nếu bạn đã sử dụng INNER hoặc RIGHT JOIN thì bạn sẽ không nhận được các mục tin tức không có nhận xét.