Tham số connect_timeout chỉ hợp lệ tại thời điểm kết nối. Sẽ rất hữu ích khi kiểm tra xem máy chủ DB của bạn có thể truy cập được hay không sau 20 giây. Sau khi kết nối, thời gian chờ đã chỉ định không còn hợp lệ.
Tôi không tìm thấy bất kỳ thông số thời gian chờ truy vấn nào trên trang hướng dẫn sử dụng mysql chính thức: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html vì vậy tôi không nghĩ điều này là có thể.