Không hoàn toàn chắc chắn nhưng hãy cân nhắc việc di chuyển điều kiện từ WHERE điều kiện để JOIN ON điều kiện vì bạn đang thực hiện một phép nối bên ngoài (LEFT JOIN ) nó tạo ra sự khác biệt về hiệu suất không giống như inner join điều kiện ở đâu là ở where hoặc join on mệnh đề tương đương.
SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');