JPA không cho phép thực thể bao gồm các cột từ nhiều bảng?

Tôi không hiểu rõ thiết lập của bạn.

@SecondaryTable là để lưu trữ một thực thể duy nhất trong nhiều bảng, nhưng trong trường hợp của bạn, bạn có mối quan hệ nhiều-một giữa các thực thể khác nhau (mỗi thực thể được lưu trữ trong bảng của chính nó) và nó phải được ánh xạ như vậy:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}