Vấn đề ở đây kết thúc là một vài thứ. Như abarnert đã chỉ ra trong phần nhận xét của câu hỏi, có sự pha trộn giữa trăn hệ thống và trăn ảo virtualenv. Để giải quyết vấn đề này, tôi đã phải thay đổi các thuộc tính dự án của dự án PyDev để chỉ trỏ đến phiên bản python virtualenv, sau đó trong tùy chọn trình thông dịch PyDev, tôi phải xây dựng lại PYTHONPATH.
Sau khi hoàn thành việc này, trong virtualenv, tôi phải chạy đoạn mã sau:
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
Điều này đã giải quyết tất cả các vấn đề.