Chà, có vẻ như trường tên của bạn không phải là duy nhất. Truy vấn con của bạn khớp với nhiều hàng, vì vậy bạn cần phải tìm một id duy nhất để so khớp với tên khác, hoặc nếu bạn muốn chỉ lấy kết quả đầu tiên từ truy vấn con, hãy làm như sau:
UPDATE TABLE1 SET ID = (SELECT TABLE2.ID FROM TABLE2, TABLE1
WHERE TABLE1.NAME=TABLE2.NAME LIMIT 1) WHERE TABLE1.ID IS NULL