Sau khi tìm kiếm thêm một chút, tôi đã tìm thấy liên kết sau cho thấy đó là lỗi MySQL: https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Rất may, đang tắt supports_san_multi_rowcount đã giúp!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Đủ tốt cho tôi cho bây giờ. Đây là một tài nguyên thú vị khác mà tôi tìm thấy trong quá trình xử lý postgresql: https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using
