Chạy truy vấn mysql từ phpmyadmin chỉ thay đổi 1 bản ghi. Đã thử ssh nhưng cùng một vấn đề

Truy vấn SELECT của bạn thiếu mệnh đề GROUP BY. Có thể ý bạn là:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name