Để cập nhật tài liệu, MongoDB phải tìm nạp toàn bộ tài liệu từ đĩa (trừ khi nó đã nằm trong bộ nhớ cache), sau đó biến đổi nó trong bộ nhớ và ghi nó trở lại đĩa. Các sửa đổi cũng được ghi vào oplog để sao chép tới các nút phụ.
Khi kích thước tài liệu tăng lên, quá trình này sẽ mất nhiều thời gian hơn cho mỗi tài liệu và vì mỗi tài liệu tiêu tốn ngày càng nhiều không gian trong bộ nhớ, nên tình trạng gián đoạn bộ nhớ cache cũng sẽ bắt đầu làm mất hiệu suất đối với các truy vấn không liên quan.
Kích thước tài liệu tối đa trong MongoDB là 16MB. Nếu tài liệu này đã ở mức 4MB sau 10 phút, thì nó sẽ sớm cần được chia nhỏ hoặc cắt bớt.