Tôi đã có một vấn đề tương tự. Tôi sử dụng Spring Boot 1.5.9 và postgres 9.6, data.sql có chèn. Mã hóa trên data.sql là UTF-8, nhưng sau khi bắt đầu ứng dụng, trong DB là các ký hiệu đặc biệt thay vì các chữ cái tiếng Nga.
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8
Thuộc tính này trong application.properties đã hữu ích.
Tất cả các thuộc tính chịu trách nhiệm cho DB:
spring.datasource.jndi-name=java:/PostgresDS
spring.jpa.properties.hibernate.default_schema=my_scheme_name
spring.jpa.hibernate.ddl-auto = update
spring.jpa.show-sql = false
spring.jpa.properties.hibernate.dialect = org.hibernate.dialect.PostgreSQLDialect
spring.datasource.continue-on-error=true
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8