Tôi gặp sự cố tương tự khi cập nhật máy chủ mysql từ 5.5 lên 5.7 trong Debian 8 (jessie). Trong một số trường hợp hiếm hoi, nó có thể xảy ra nếu bạn cập nhật trực tiếp bỏ qua trình tự của các phiên bản. (Nhiều người làm điều này, nhưng những nâng cấp như vậy không được hỗ trợ chính thức). Trong trường hợp của tôi, nó hoạt động tốt khi tôi thực hiện lệnh bên dưới:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Tôi hy vọng điều này sẽ giúp bạn