Không. Trong MySQL, "cơ sở dữ liệu" về cơ bản chỉ là danh mục không ảnh hưởng đến cách dữ liệu được lưu trữ hoặc truy vấn.
Truy vấn hai bảng trong các cơ sở dữ liệu khác nhau cũng giống như truy vấn hai bảng trong cùng một db, từ quan điểm thực thi truy vấn.