Tôi không biết tại sao nó đột nhiên chạy chậm hơn, nhưng tôi khuyên bạn nên chuyển đổi thành kết hợp, kết hợp này sẽ hoạt động tốt hơn:
SELECT t.*
FROM temp_company t
LEFT JOIN company c ON c.number = t.number
WHERE c.number is null
Đây là một cách khá tiêu chuẩn để giải quyết một not in (...)
thông qua một phép nối và hoạt động vì các phép nối bên ngoài mà không khớp có rỗng trong các cột của bảng đã kết hợp.