Cuối cùng, tôi đã khắc phục sự cố này. Ứng dụng của tôi có đa luồng để sử dụng cùng một kết nối, có vẻ như không phải là cách thích hợp để truy cập mysql, vì vậy khi tôi không chia sẻ kết nối, sự cố đã biến mất.
Dưới 'threadSafety' trong Hướng dẫn sử dụng MySQLdb :