Sau khi thử nhiều thứ, tôi nhận thấy rằng hàm to_sql không tạo ra cú pháp MySQL chính xác để nó hoạt động. Ngoài ra với cách tiếp cận để thay đổi sang wkb MySQL vẫn không nhận ra cột đó là hình học nếu tôi để nguyên văn bản (xem hình trong câu hỏi).
Điều phù hợp với tôi là thay đổi trường hình học thành chuỗi và cập nhật nó trong python để nó trông giống như sau: 
Sau đó, tôi tiếp tục sử dụng mã bên dưới, nơi tôi gửi khung dữ liệu đến MySQL và sau đó cập nhật bảng để đặt cột hình học:
regions.to_sql('pr_regions', con=conn, schema='eq_pr_db',
if_exists='replace', index=False)
#add column type Polygon
conn.execute('''ALTER TABLE `eq_pr_db`.`pr_regions`
ADD COLUMN `geom` Polygon;''')
#populate new column by applying the ST_GeomFromText function to transform the string to geometry type.
conn.execute('''UPDATE `eq_pr_db`.`pr_regions`
SET geom = ST_GeomFromText(geometry) ;''')
