Hãy thử điều này:
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Chưa bao giờ thử nó với bản cập nhật cho các cột chính như thế này, nhưng điều này sẽ hiệu quả với các cột khác, rất đáng để thử.