Có vẻ như bạn đang ghi đè các danh sách của mình thay vì thêm vào chúng khi bạn thực hiện:
for site in sites:
items = [site.select('//h2').extract()]
item = [site.select('//h3').extract()]
meta = [site.select('//meta').extract()]
Tôi nghĩ bạn có thể muốn thay đổi nó thành:
for site in sites:
items.append(site.select('//h2').extract())
item.append(site.select('//h3').extract())
meta.append(site.select('//meta').extract())