Không, mysqli_query sẽ không tự động thay đổi mức cô lập. Kết nối thông qua mysqli theo nhiều cách giống như kết nối qua cli mysql. Trong cả hai trường hợp, bạn sẽ nhận được mức cô lập mặc định. Và cũng giống như cli, mysqli không thể đưa ra bất kỳ giả định nào về những câu lệnh nào sẽ đến thông qua kết nối.
Dù sao, nếu bạn có một số lý do chính đáng để lo lắng về mức cô lập, tôi nghĩ bạn nên đặt nó một cách rõ ràng, ví dụ:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
Bằng cách đó, bạn có thể đảm bảo rằng bạn có mức cô lập mà bạn muốn và bạn có thể nhận xét lý do của mình trong mã.