Khi bạn sử dụng WHERE điều kiện trên bảng bên phải của LEFT JOIN (Outer Join), nó thực sự trở thành một INNER JOIN , bởi vì WHERE mệnh đề cần phải phù hợp với các điều kiện. Đó là lý do tại sao bạn chỉ nhận được các trường hợp c.active = 1 .
Bạn cần chuyển WHERE điều kiện để LEFT JOIN .. ON .. AND .. điều kiện:
SELECT
p.id, c.id as category_id
FROM
(SELECT id FROM products p WHERE p.id > 6319055 ORDER BY id LIMIT 1000) prods
LEFT JOIN
products p ON p.id = prods.id
LEFT JOIN
categories c ON c.id = p.category_id
AND c.active = 1