Tôi đã từng gặp một vấn đề tương tự phát sinh trong quá khứ, vì vậy tôi rất mong muốn được giải quyết cho câu hỏi này. Nhận xét của Aaron Bertrand về OP đã dẫn đến Truy vấn hết thời gian chờ khi được thực thi từ web nhưng cực nhanh khi được thực thi từ SSMS và mặc dù câu hỏi không trùng lặp, nhưng câu trả lời rất có thể áp dụng cho trường hợp của bạn.
Về bản chất, có vẻ như SQL Server có thể có một kế hoạch thực thi được lưu trong bộ nhớ cache bị hỏng. Bạn đang gặp phải kế hoạch tồi tệ với máy chủ web của mình, nhưng SSMS đến với một kế hoạch khác vì có một cài đặt khác trên cờ ARITHABORT (nếu không sẽ không ảnh hưởng đến truy vấn / quy trình được lưu trữ cụ thể của bạn).
Xem ADO.NET gọi Thủ tục lưu trữ T-SQL gây ra SqlTimeoutException cho một ví dụ khác, với lời giải thích và cách giải quyết đầy đủ hơn.