Bạn đã cài đặt JRE chứ không phải JDK.
Để biên dịch mã gốc JNI, bạn cần cài đặt JDK, đi kèm với tiêu đề jni.h thích hợp, cũng như các tiêu đề dành riêng cho hệ điều hành.
Khi bạn làm điều đó, hãy cập nhật đường dẫn bao gồm của bạn thành
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux