MySQL duy trì một bộ đệm duy nhất cho tất cả các cơ sở dữ liệu. Về hiệu suất, không quan trọng liệu các bảng có nằm trong các cơ sở dữ liệu khác nhau hay không.
Trường hợp sử dụng của bạn là cơ bản, nhưng có vẻ là trường hợp hợp lý để tổng hợp dữ liệu từ các cơ sở dữ liệu riêng biệt.
Tôi sẽ cẩn thận với kiến trúc này. Nếu các ứng dụng của bạn bắt đầu chia sẻ nhiều hơn chỉ một vài bảng, hãy tự hỏi liệu các ứng dụng này có thực sự là các ứng dụng riêng biệt hay đúng hơn là các mô-đun của cùng một ứng dụng. Trong trường hợp thứ hai, tôi thấy hợp lý nếu có tất cả các bảng trong một cơ sở dữ liệu sigle.
Nếu bạn lo lắng về bảo mật, xin lưu ý rằng hầu hết các quyền truy cập có thể được cấp trên cơ sở mỗi bảng (hoặc thậm chí mỗi cột) .
