Tôi đã gặp vấn đề này trước đây. Thuộc tính ConnectTimeout chỉ áp dụng cho thời gian chờ xảy ra khi kết nối với cơ sở dữ liệu, không áp dụng cho các truy vấn.
CommandTimeout tuy nhiên chỉ định thời gian chờ truy vấn trả về. Tôi tin rằng mặc định là 30 giây. Kiểm tra kỹ tài liệu cho thư viện MySql của bạn, nhưng đối với SqlCommand, CommandTimeout tính bằng Giây chứ không phải mili giây.
