THAM GIA TRÁI của bạn với điều kiện consignment.id >id1 gần như đang tạo ra một sản phẩm catesian. Điều bạn có thể muốn là chỉ chèn các hàng có id cao hơn từ bảng nguồn so với id1 cao nhất trong bảng đích. Bạn nên sử dụng SELECT MAX(id) truy vấn con thay vào đó:
SELECT [..]
FROM `eamglo5_singaporelive`.`consignment`
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1
and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
)